Tax Brief PER-12/PJ/2026: Perubahan Mekanisme Pembetulan SPT

Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menerbitkan Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-12/PJ/2026 tentang Perubahan atas Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-11/PJ/2025 tentang Ketentuan Pelaporan Pajak Penghasilan, Pajak Pertambahan Nilai, Pajak Penjualan atas Barang Mewah, dan Bea Meterai dalam rangka Pelaksanaan Sistem Inti Administrasi Perpajakan.

PER-12/PJ/2026 ditetapkan pada 28 September 2026 oleh Direktur Jenderal Pajak Bimo Wijayanto dan mulai berlaku pada 1 Oktober 2026. Perubahan utama dalam peraturan ini berkaitan dengan mekanisme pembetulan Surat Pemberitahuan (SPT). Jika sebelumnya pembetulan menggunakan pendekatan selisih atau delta, kini perhitungan juga memperhitungkan pembayaran dan pengembalian yang telah terjadi.

Ruang Lingkup Perubahan

Konsiderans PER-12/PJ/2026 memuat tiga pertimbangan. Pertama, pemerintah perlu memberikan kemudahan dan kepastian hukum dalam pemenuhan kewajiban perpajakan melalui sistem administrasi yang lebih efektif, termasuk dalam pembuatan bukti pemotongan dan/atau pemungutan Pajak Penghasilan (PPh) serta dokumen yang dipersamakan dengannya.

Kedua, PER-11/PJ/2025 belum mengakomodasi kebutuhan tersebut sehingga perlu diubah. Ketiga, berdasarkan pertimbangan tersebut, perlu ditetapkan peraturan perubahan atas PER-11/PJ/2025.

Dari sisi dasar hukum, PER-12/PJ/2026 antara lain mengacu pada Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (KUP), Undang-Undang Pajak Penghasilan, dan Undang-Undang Pajak Pertambahan Nilai (PPN) yang telah beberapa kali diubah.

PER-12/PJ/2026 terdiri atas dua pasal. Pasal I memuat 15 perubahan terhadap PER-11/PJ/2025, sedangkan Pasal II mengatur ketentuan peralihan dan mulai berlakunya peraturan.

Perubahan tersebut mencakup ketentuan umum, bukti pemotongan, SPT Masa PPh Pasal 21/26, PPh Unifikasi, PPN, PPnBM, SPT Tahunan PPh, kompensasi, serta tindak lanjut permohonan pengembalian pajak.

Pada ketentuan umum, tujuh definisi dihapus, yaitu angka 11, 18, 77, 78, 80, 81, dan 82. Selain itu, ditambahkan empat definisi baru, yaitu Surat Ketetapan Pajak, Surat Ketetapan Pajak Lebih Bayar, Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak, dan Pajak Penghasilan Pasal 29.

Bukti Pemotongan dan Pelaporan SPT

Pasal 6 dan Pasal 17 mengatur bahwa Tanda Tangan Elektronik pada bukti pemotongan PPh Pasal 21/26 serta bukti pemotongan dan/atau pemungutan PPh Unifikasi dilakukan oleh pemotong atau pemungut.

Pemotong atau pemungut dapat menunjuk satu atau lebih pejabat atau pegawai untuk menandatangani bukti tersebut melalui Portal Wajib Pajak.

Pasal 7 mengatur pembuatan formulir BPA1, BPA2, BP21, dan BP26. BP21 dan BP26 dapat dibuat untuk setiap transaksi atau satu Masa Pajak sesuai ketentuan yang berlaku.

Pasal 19 juga mengatur kembali dokumen yang dipersamakan dengan Bukti Pemotongan dan/atau Pemungutan PPh Unifikasi Berformat Standar.

Sementara itu, Pasal 11 menambahkan data yang harus dimuat dalam SPT Masa PPh Pasal 21/26, termasuk jumlah pajak yang kurang atau lebih disetor akibat pembetulan.

Perubahan Mekanisme Pembetulan SPT

Sebelumnya, pembetulan SPT dalam Coretax menggunakan pendekatan delta. Perhitungan pada dasarnya didasarkan pada selisih antara kondisi SPT sebelum dan setelah pembetulan.

Pendekatan tersebut dapat menghasilkan posisi kurang bayar meskipun Wajib Pajak telah melakukan pembayaran atau menerima pengembalian atas Masa Pajak yang sama.

PER-12/PJ/2026 mengubah mekanisme tersebut. Pembetulan kini memperhitungkan pembayaran dan pengembalian yang telah terjadi sebelum pembetulan disampaikan.

PPN dan PPnBM

Pasal 29B mengatur bahwa posisi PPN yang kurang bayar, lebih bayar, atau nihil akibat pembetulan memperhitungkan seluruh penyetoran kurang bayar dan seluruh pengembalian kelebihan pembayaran yang telah diterbitkan untuk Masa Pajak yang dibetulkan sebelum pembetulan disampaikan.

Pengembalian yang diperhitungkan antara lain meliputi Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak berdasarkan Pasal 17C dan Pasal 17D UU KUP serta Surat Ketetapan Pajak Lebih Bayar atas permohonan pengembalian pajak yang seharusnya tidak terutang.

Dengan demikian, perhitungan pembetulan tidak hanya membandingkan SPT awal dengan SPT pembetulan, tetapi juga memperhitungkan pembayaran dan pengembalian yang telah terjadi. Mekanisme yang sama berlaku untuk PPnBM.

PPh Pasal 21/26

Untuk PPh Pasal 21/26, Pasal 12 ayat (2a) memperhitungkan seluruh PPh Pasal 21/26 yang telah disetor sebelum pembetulan. Pasal 13A dan Pasal 13B mengatur penyesuaian saldo kompensasi.

Sebagai contoh, pemotong menyetor Rp 100 juta untuk Masa Pajak Mei, sedangkan PPh yang seharusnya dipotong Rp 90 juta. Terdapat kelebihan penyetoran Rp 10 juta yang dikompensasikan ke Masa Pajak Juni.

Setelah pembetulan, PPh yang seharusnya dipotong pada Masa Mei ternyata Rp 95 juta. Dengan demikian, terdapat kelebihan pembayaran Rp 5 juta. Saldo kompensasi disesuaikan secara negatif sebesar Rp 5 juta dan diperhitungkan dalam SPT Masa PPh Pasal 21/26 berstatus normal yang pertama kali disampaikan setelah Masa Pajak yang dibetulkan.

PPh Unifikasi

Pasal 25 ayat (1a) sampai dengan ayat (1c) mengatur bahwa pembetulan SPT PPh Unifikasi memperhitungkan seluruh PPh yang tercantum dalam bukti pemotongan dan/atau pemungutan PPh Unifikasi yang telah dibayar serta seluruh pengembalian kelebihan pembayaran pajak yang seharusnya tidak terutang melalui Surat Ketetapan Pajak Lebih Bayar.

Jika hasil pembetulan menunjukkan kurang bayar, kekurangan tersebut wajib disetor ke kas negara. Jika menunjukkan lebih bayar, kelebihan tersebut dapat diajukan untuk pengembalian sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.

SPT Tahunan PPh

Pasal 80A mengatur bahwa pembetulan SPT Tahunan PPh memperhitungkan pembayaran PPh Pasal 29 dan pengembalian pendahuluan yang telah diterbitkan.

Contoh Pembetulan SPT

Pengembalian Pendahuluan PPN

Pengusaha Kena Pajak (PKP) melaporkan SPT Masa PPN Masa Pajak Oktober 2027 dengan status lebih bayar Rp 600 juta dan memperoleh Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pajak sebesar Rp 600 juta.

Setelah pembetulan, lebih bayar yang seharusnya hanya Rp 500 juta. Berdasarkan Pasal 29B, jumlah tersebut diperhitungkan dengan pengembalian Rp 600 juta yang telah diterima. Akibatnya, terdapat kurang bayar Rp 100 juta yang wajib disetor ke kas negara.

Kompensasi PPN

SPT Masa PPN Maret melaporkan lebih bayar Rp 500 juta dan mengompensasikannya ke masa berikutnya. Setelah pembetulan, lebih bayar Maret menjadi Rp 400 juta.

Jika SPT April dan Mei telah disampaikan, sedangkan SPT Juni belum disampaikan, saldo kompensasi disesuaikan secara negatif sebesar Rp 100 juta. Penyesuaian tersebut diperhitungkan dalam SPT Masa PPN pertama berstatus normal yang belum disampaikan setelah Masa Pajak yang dibetulkan, yaitu SPT Juni.

Kompensasi PPh Pasal 21/26

Pemotong menyetor Rp 100 juta untuk Masa Pajak Mei, sedangkan PPh yang seharusnya dipotong Rp 90 juta. Kelebihan Rp 10 juta dikompensasikan ke Masa Pajak Juni.

Setelah pembetulan, PPh yang seharusnya dipotong untuk Masa Mei menjadi Rp 95 juta. Dengan demikian, kelebihan pembayaran yang sebenarnya hanya Rp 5 juta. Saldo kompensasi disesuaikan secara negatif sebesar Rp 5 juta dan diperhitungkan dalam SPT Masa PPh Pasal 21/26 berstatus normal yang pertama kali disampaikan setelah Masa Pajak yang dibetulkan.

Ketentuan Pembetulan dan Kompensasi

Pembetulan SPT pada prinsipnya hanya dapat dilakukan sepanjang DJP belum melakukan pemeriksaan atau pemeriksaan bukti permulaan secara terbuka atas SPT yang bersangkutan.

Pasal 29A juga mengatur bahwa SPT Masa PPN suatu Masa Pajak harus disampaikan setelah SPT Masa PPN Masa Pajak sebelumnya disampaikan. Pengecualian berlaku apabila terhadap Masa Pajak sebelumnya sedang dilakukan pemeriksaan atau pemeriksaan bukti permulaan secara terbuka.

Pasal 29E mengatur penyesuaian kompensasi atas SPT Masa PPN Masa Pajak Desember 2024 dan sebelumnya yang berstatus lebih bayar dan dikompensasikan ke Januari 2025, termasuk mekanisme penyampaian SPT pembetulan dan dokumen pendukungnya.

Pasal 129A dan Pasal 129B mengatur konsekuensi pembetulan SPT. Hak dan kewajiban perpajakan dilaksanakan berdasarkan SPT pembetulan terakhir yang disampaikan.

Permohonan pengembalian atas SPT lebih bayar yang kemudian dibetulkan tidak ditindaklanjuti dalam kondisi tertentu, antara lain apabila keputusan belum diterbitkan atau pemeriksaan belum dimulai, sesuai dengan jenis proses pengembalian.

Wajib Pajak akan menerima pemberitahuan atas permohonan yang tidak ditindaklanjuti dalam proses penelitian pengembalian pajak yang seharusnya tidak terutang atau penelitian pengembalian pendahuluan.

Selain itu, apabila SPT Tahunan telah memperoleh keputusan persetujuan pengangsuran atau penundaan pembayaran PPh Pasal 29, keputusan tersebut tidak berlaku sejak SPT Tahunan pembetulan disampaikan.

Ketentuan Peralihan

Pasal II mengatur perlakuan terhadap SPT yang telah disampaikan sebelum PER-12/PJ/2026 berlaku.

Pelaporan dan/atau pembetulan SPT yang disampaikan sebelum 1 Oktober 2026 dan belum diproses atau belum diselesaikan tindak lanjutnya tetap ditangani berdasarkan PER-11/PJ/2025.

Sementara itu, pembetulan yang disampaikan setelah PER-12/PJ/2026 berlaku menggunakan ketentuan baru untuk Masa Pajak sejak Januari 2025, Bagian Tahun Pajak yang berakhir sejak Januari 2025, atau Tahun Pajak sejak 2025. Ketentuan ini juga berlaku terhadap SPT yang telah disampaikan sebelum PER-12/PJ/2026 berlaku.

Dengan demikian, Wajib Pajak perlu memperhatikan dua hal dalam menentukan ketentuan yang berlaku, yaitu tanggal penyampaian pembetulan dan periode pajak yang dibetulkan.

Hal yang Perlu Diperhatikan Wajib Pajak

Sebelum menyampaikan pembetulan SPT, Wajib Pajak perlu merekonsiliasi seluruh pembayaran, pengembalian, dan saldo kompensasi yang terkait dengan Masa atau Tahun Pajak yang dibetulkan.

Posisi kurang bayar, lebih bayar, atau nihil dalam SPT pembetulan tidak lagi hanya ditentukan berdasarkan selisih antara SPT awal dan SPT pembetulan. Pembayaran dan pengembalian yang telah terjadi juga harus diperhitungkan sesuai dengan jenis pajaknya.

Riwayat kompensasi lebih bayar juga perlu diperiksa karena penyesuaian saldo kompensasi dapat memengaruhi SPT Masa berikutnya.

Bagi pengguna Coretax, pembetulan SPT perlu dipandang sebagai bagian dari rangkaian administrasi perpajakan untuk Masa atau Tahun Pajak yang sama. Karena itu, rekonsiliasi antara SPT, pembayaran, pengembalian, dan saldo kompensasi perlu dilakukan sebelum pembetulan disampaikan.

Jika Anda membutuhkan pendampingan dalam memahami dan menerapkan PER-12/PJ/2026, termasuk rekonsiliasi dan pembetulan SPT, tim Ideatax siap membantu.

Referensi Hukum

Undang-Undang Nomor 6 Tahun 1983 tentang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan sebagaimana telah beberapa kali diubah, terakhir dengan Undang-Undang Nomor 7 Tahun 2021.
Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1983 tentang Pajak Penghasilan sebagaimana telah beberapa kali diubah, terakhir dengan Undang-Undang Nomor 7 Tahun 2021.
Undang-Undang Nomor 8 Tahun 1983 tentang Pajak Pertambahan Nilai Barang dan Jasa dan Pajak Penjualan atas Barang Mewah sebagaimana telah beberapa kali diubah, terakhir dengan Undang-Undang Nomor 7 Tahun 2021.
Peraturan Pemerintah Nomor 58 Tahun 2023 tentang Tarif Pemotongan Pajak Penghasilan Pasal 21 atas Penghasilan Sehubungan dengan Pekerjaan, Jasa, atau Kegiatan Wajib Pajak Orang Pribadi.
Peraturan Menteri Keuangan Nomor 81 Tahun 2024 tentang Ketentuan Perpajakan dalam rangka Pelaksanaan Sistem Inti Administrasi Perpajakan sebagaimana telah beberapa kali diubah, terakhir dengan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 1 Tahun 2026.
Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-11/PJ/2025 tentang Ketentuan Pelaporan Pajak Penghasilan, Pajak Pertambahan Nilai, Pajak Penjualan atas Barang Mewah, dan Bea Meterai dalam rangka Pelaksanaan Sistem Inti Administrasi Perpajakan.