Ideatax
HomeTeamOur ServicesPublicationsContact Us
Tax Brief: Peraturan Dirjen Pajak Nomor 16 Tahun 2025

Tax Brief: Peraturan Dirjen Pajak Nomor 16 Tahun 2025

PPN

1 Sep 2025, 22.36 WIB

Belum genap tiga bulan berlaku, Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-6/PJ/2025 yang mengatur mengenai pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak mengalami perubahan. Melalui Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER - 16/PJ/2025, Pemerintah mengubah ketentuan tersebut.

 

Dalam konsideransnya disebutkan bahwa perubahan terhadap PER-5/PJ./2025 dilakukan untuk lebih memberikan kepastian hukum dalam pelaksanaan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak. Sehingga, Pemerintah merasa perlu untuk melakukan penyesuaian ketentuan mengenai pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak terhadap Wajib Pajak Kriteria Tertentu, Wajib Pajak Persyaratan Tertentu, dan Pengusaha Kena Pajak Berisiko Rendah, serta special purpose company atau Kontrak Investasi Kolektif sebagai pengusaha kena pajak berisiko rendah.

 

Terdapat tiga perubahan utama yang diatur dalam PER-16/PJ./2025. Pertama, Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-16/PJ./2025 menyisipkan satu ayat diantara Pasal 6 ayat (2) dan ayat (3). Sehingga terdapat penambahan Pasal 6 ayat (2a) yang berbunyi sebagai berikut:

 

Pajak Masukan yang dapat diperhitungkan sebagai bagian dari kelebihan pembayaran pajak merupakan Pajak Masukan yang telah dikreditkan dan tercantum dalam:

  1. Faktur Pajak sebagaimana diatur dalam Pasal 6 ayat (8) huruf a angka 1, Pasal 10 ayat (5) huruf a angka 1, dan Pasal 16 ayat (5) huruf c angka 1 PMK-39/PMK.03/2018 yang telah dilaporkan dalam Surat Pemberitahuan Masa Pajak Pertambahan Nilai Pengusaha Kena Pajak yang membuat Faktur Pajak.
  2. Dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak sebagaimana diatur dalam Pasal 6 ayat (8) huruf a angka 2, Pasal 10 ayat (5) huruf a angka 2, dan Pasal 16 ayat (5) huruf c angka 2 PMK-39/PMK.03/2018 yang telah dilaporkan dalam Surat Pemberitahuan Masa Pajak Pertambahan Nilai Pengusaha Kena Pajak yang membuat dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak.
  3. Dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak berupa dokumen pemberitahuan pabean impor sesuai dengan ketentuan sebagaimana dimaksud dalam Peraturan Menteri Keuangan yang mengatur mengenai ketentuan perpajakan atas impor dengan ketentuan telah dipertukarkan secara elektronik dengan Direktorat Jenderal Pajak.
  4. Dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak berupa dokumen pemberitahuan pabean impor sesuai dengan ketentuan sebagaimana dimaksud dalam Peraturan Menteri Keuangan yang mengatur mengenai ketentuan perpajakan atas impor yang diunggah oleh Wajib Pajak Pemohon dengan ketentuan mencantumkan Nomor Transaksi Penerimaan Negara. dan/atau
  5. Dokumen surat penetapan pembayaran bea masuk, cukai, dan/atau pajak sesuai dengan ketentuan sebagaimana dimaksud dalam Peraturan Menteri Keuangan yang mengatur mengenai ketentuan perpajakan atas impor barang kiriman, dengan ketentuan:
  6. mencantumkan Nomor Transaksi Penerimaan Negara.
  7. terdapat dalam sistem informasi pelayanan Direktorat Jenderal Bea dan Cukai.
  8. telah dipertukarkan secara elektronik dengan Direktorat Jenderal Pajak. dan
  9. dibayarkan oleh Wajib Pajak Pemohon melalui penyelenggara pos terkait dengan impor barang kiriman.

 

Kedua, PER-16/PJ./2025 menambahkan ayat 4a diantara Pasal 7 ayat (4) dan Pasal 7 ayat (5). Sehingga, bunyi Pasal 7 ayat (4a) adalah sebagai berikut:

 

Pajak Masukan yang dapat diperhitungkan sebagai bagian dari kelebihan pembayaran pajak merupakan Pajak Masukan yang telah dikreditkan dan tercantum dalam:

  1. Faktur Pajak sebagaimana dimaksud pada ayat (4) huruf a angka 1 yang telah dilaporkan dalam Surat Pemberitahuan Masa Pajak Pertambahan Nilai Pengusaha Kena Pajak yang membuat Faktur Pajak.
  2. Dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak sebagaimana dimaksud pada ayat (4) huruf a angka 2 yang telah dilaporkan dalam Surat Pemberitahuan Masa Pajak Pertambahan Nilai Pengusaha Kena Pajak yang membuat dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak.
  3. Dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak sebagaimana dimaksud pada ayat (4) huruf a angka 2 berupa dokumen pemberitahuan pabean impor sesuai dengan ketentuan sebagaimana dimaksud dalam Peraturan Menteri Keuangan yang mengatur mengenai ketentuan perpajakan atas impor dengan ketentuan telah dipertukarkan secara elektronik dengan Direktorat Jenderal Pajak.
  4. Dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak sebagaimana dimaksud pada ayat (4) huruf a angka 2 berupa dokumen pemberitahuan pabean impor sesuai dengan ketentuan sebagaimana dimaksud dalam Peraturan Menteri Keuangan yang mengatur mengenai ketentuan perpajakan atas impor yang diunggah oleh Wajib Pajak Pemohon dengan ketentuan mencantumkan Nomor Transaksi Penerimaan Negara. dan/atau
  5. Dokumen tertentu yang kedudukannya dipersamakan dengan Faktur Pajak sebagaimana dimaksud pada ayat (4) huruf a angka 2 berupa dokumen surat penetapan pembayaran bea masuk, cukai, dan/atau pajak sesuai dengan ketentuan sebagaimana dimaksud dalam Peraturan Menteri Keuangan yang mengatur mengenai ketentuan perpajakan atas impor barang kiriman, dengan ketentuan:
    1. mencantumkan Nomor Transaksi Penerimaan Negara.
    2. terdapat dalam sistem informasi pelayanan Direktorat Jenderal Bea dan Cukai.
    3. telah dipertukarkan secara elektronik dengan Direktorat Jenderal Pajak. dan
    4. dibayarkan oleh Wajib Pajak Pemohon melalui penyelenggara pos terkait dengan impor barang kiriman.

 

Ketiga, PER-16/PJ./2025 menambahkan ayat (4) dan ayat (5) dalam Pasal 11. Sehingga, bunyi dari ayat (4) dan ayat (5) PER-16/PJ./2025 menjadi sebagai berikut:

 

Ayat  (4), terhadap permohonan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajak yang berasal dari Surat Pemberitahuan Tahunan Pajak Penghasilan Wajib Pajak orang pribadi Tahun Pajak 2024 yang menyatakan lebih bayar yang disampaikan oleh Wajib Pajak orang pribadi tertentu yang terdapat kesalahan pencantuman Pajak Penghasilan Pasal 21 terutang yang dikreditkan sehingga seharusnya tidak terdapat kelebihan pembayaran pajak:

  1. dianggap tidak terdapat kelebihan pembayaran pajak.
  2. tidak diterbitkan Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pembayaran Pajak dan diberitahukan kepada Wajib Pajak Pemohon. dan
  3. tidak ditindaklanjuti berdasarkan ketentuan sebagaimana dimaksud dalam Pasal 17B Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan.

 

Ayat (5) Wajib Pajak orang pribadi tertentu sebagaimana dimaksud pada ayat (4) merupakan Wajib Pajak orang pribadi selain pegawai negeri sipil, anggota Tentara Nasional Indonesia, anggota Kepolisian Republik Indonesia, pejabat negara dan pensiunannya yang memenuhi ketentuan sebagai berikut:

  1. hanya menerima penghasilan dan Bukti Pemotongan Pajak Penghasilan Pasal 21/26 Formulir 1721-A1 - Bukti Pemotongan Pajak Penghasilan Pasal 21 bagi Pegawai Tetap atau Pensiunan yang Menerima Uang terkait Pensiun secara Berkala semata-mata dari 1 (satu) pemberi kerja atau dana pensiun atau badan lain yang membayarkan uang pensiun dan pembayaran lain dengan nama apa pun dalam rangka pensiun.
  2. tidak memiliki pengurang penghasilan bruto berupa zakat atau sumbangan keagamaan yang sifatnya wajib yang dibayarkan tidak melalui pemberi kerja atau pembayar uang pensiun. dan
  3. kelebihan pembayaran pajak tersebut berasal dari penghitungan Pajak Penghasilan terutang menurut Wajib Pajak lebih kecil daripada Pajak Penghasilan Pasal 21 terutang berdasarkan Bukti Pemotongan Pajak Penghasilan Pasal 21/26 Formulir 1721-A1 - Bukti Pemotongan Pajak Penghasilan Pasal 21 bagi Pegawai Tetap atau Pensiunan yang Menerima Uang terkait Pensiun secara Berkala.

 

Kesimpulan

 

Berdasarkan penjelasan tersebut di atas, kiranya kita dapat mengambil kesimpulan PER-16/PJ.2025 sebagai berikut:

  • PER-16/PJ.2025 memberikan pengaturan lebih lanjut mengenai pajak masukan yang dapat diperhitungkan sebagai kredit pajak dalam perhitungan kelebihan pembayaran pajak, diantaranya adalah pajak masukan sebagaimana tercantum dalam faktur pajak, dokumen tertentu yang dipersamakan dengan faktur pajak, dokumen surat penetapan bea masuk, cukai atau pajak.
  • PER-16/PJ.2025 memberikan penegasan kembali bahwa terhadap Wajib Pajak Orang Pribadi tertentu yang mengajukan permohonan pengembalian kelebihan pembayaran pajak karena kesalahan tulis, tidak dianggap sebagai kelebihan pembayaran pajak dan tidak diterbitkan Surat Keputusan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pembayaran Pajak.
  • PER-16/PJ.2025 memberikan penegasan kembali mengenai Wajib Pajak Orang Pribadi tertentu yang permohonan pengembalian pendahuluan kelebihan pembayaran pajaknya tidak dianggap sebagai kelebihan pembayaran.
  • PER-16/PJ.2025 berlaku sejak 13 Agustus 2025.

 

Ketentuan terkait:

 

  • Undang – undang Nomor 8 tahun 1983 tentang Pajak Pertambahan Nilai dan Pajak Penjualan Barang Mewah sebagaimana telah diubah terakhir dengan Undang – undang Nomor 7 tahun 2021 tentang Harmonisasi Peraturan Perpajakan.
  • Peraturan Menteri Keuangan Republik Indonesia Nomor 39/PMK.03/2018 tentang Tata Cara Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pembayaran Pajak sebagaimana telah diubah terakhir dengan PMK Nomor 119 tahun 2024 tentang Perubahan Ketiga Atas Peraturan Menteri Keuangan Nomor 39/Pmk.03/2018 Tentang Tata Cara Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pembayaran Pajak.
  • Peraturan Direktur Jenderal Pajak Nomor PER-6/PJ/2025 Tentang Pelaksanaan Pengembalian Pendahuluan Kelebihan Pembayaran Pajak Terhadap Wajib Pajak Kriteria Tertentu, Wajib Pajak Persyaratan Tertentu, Dan Pengusaha Kena Pajak Berisiko Rendah, Serta Special Purpose Company Atau Kontrak Investasi Kolektif Sebagai Pengusaha Kena Pajak Berisiko Rendah sebagaimana telah diubah dengan PER - 16/PJ/2025.
PreviousNext